MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia pecorum PV3056/3

Total Repeats: 23515

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022439	TC	3	6	32	37	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_022439	CCA	2	6	63	68	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_022439	AGA	3	9	76	84	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022439	TA	3	6	89	94	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022439	AGA	2	6	178	183	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630755
6	NC_022439	GCA	2	6	196	201	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	545630755
7	NC_022439	GAA	2	6	286	291	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630755
8	NC_022439	TTC	2	6	432	437	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630755
9	NC_022439	A	7	7	478	484	100 %	0 %	0 %	0 %	545630755
10	NC_022439	TAC	2	6	531	536	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	545630755
11	NC_022439	ATG	2	6	545	550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630755
12	NC_022439	TGCA	2	8	620	627	25 %	25 %	25 %	25 %	545630755
13	NC_022439	ATG	2	6	661	666	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630755
14	NC_022439	GAA	2	6	671	676	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630755
15	NC_022439	CTT	3	9	752	760	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630755
16	NC_022439	ATC	2	6	764	769	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	545630755
17	NC_022439	TCT	2	6	787	792	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630755
18	NC_022439	AG	3	6	855	860	50 %	0 %	50 %	0 %	545630755
19	NC_022439	GAAG	2	8	873	880	50 %	0 %	50 %	0 %	545630755
20	NC_022439	TTTA	2	8	914	921	25 %	75 %	0 %	0 %	545630755
21	NC_022439	AGTC	2	8	943	950	25 %	25 %	25 %	25 %	545630755
22	NC_022439	GGGT	2	8	1018	1025	0 %	25 %	75 %	0 %	545630755
23	NC_022439	CG	3	6	1069	1074	0 %	0 %	50 %	50 %	545630755
24	NC_022439	GAA	2	6	1129	1134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630755
25	NC_022439	TTC	2	6	1141	1146	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630755
26	NC_022439	CTT	2	6	1201	1206	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630756
27	NC_022439	TCT	2	6	1263	1268	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630756
28	NC_022439	T	6	6	1311	1316	0 %	100 %	0 %	0 %	545630756
29	NC_022439	TGA	2	6	1318	1323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630756
30	NC_022439	GAA	2	6	1451	1456	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630756
31	NC_022439	GTT	2	6	1535	1540	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630756
32	NC_022439	GAT	2	6	1579	1584	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630756
33	NC_022439	AGAA	2	8	1669	1676	75 %	0 %	25 %	0 %	545630756
34	NC_022439	TGT	2	6	1685	1690	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630756
35	NC_022439	AC	3	6	1758	1763	50 %	0 %	0 %	50 %	545630756
36	NC_022439	GAA	2	6	1772	1777	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630756
37	NC_022439	GAAGG	2	10	1878	1887	40 %	0 %	60 %	0 %	545630756
38	NC_022439	GT	3	6	1899	1904	0 %	50 %	50 %	0 %	545630756
39	NC_022439	GC	3	6	1995	2000	0 %	0 %	50 %	50 %	545630756
40	NC_022439	GGTAAA	2	12	2009	2020	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	545630756
41	NC_022439	TG	3	6	2121	2126	0 %	50 %	50 %	0 %	545630756
42	NC_022439	GCT	2	6	2152	2157	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	545630756
43	NC_022439	AAG	2	6	2230	2235	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630756
44	NC_022439	TTG	2	6	2266	2271	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630756
45	NC_022439	TTA	2	6	2275	2280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	545630756
46	NC_022439	GGA	2	6	2476	2481	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630756
47	NC_022439	T	8	8	2595	2602	0 %	100 %	0 %	0 %	545630757
48	NC_022439	T	8	8	2607	2614	0 %	100 %	0 %	0 %	545630757
49	NC_022439	T	7	7	2633	2639	0 %	100 %	0 %	0 %	545630757
50	NC_022439	CCT	2	6	2677	2682	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	545630757
51	NC_022439	T	6	6	2702	2707	0 %	100 %	0 %	0 %	545630757
52	NC_022439	AGG	2	6	2719	2724	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630757
53	NC_022439	TTA	2	6	2775	2780	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	545630757
54	NC_022439	T	6	6	2869	2874	0 %	100 %	0 %	0 %	545630757
55	NC_022439	AGG	2	6	2877	2882	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630757
56	NC_022439	AGG	2	6	2926	2931	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630757
57	NC_022439	TAT	2	6	2978	2983	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	545630757
58	NC_022439	T	6	6	2983	2988	0 %	100 %	0 %	0 %	545630757
59	NC_022439	T	8	8	3023	3030	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022439	TAT	2	6	3047	3052	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022439	TG	3	6	3056	3061	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022439	T	6	6	3073	3078	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022439	AGC	2	6	3160	3165	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	545630758
64	NC_022439	TGA	2	6	3221	3226	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630758
65	NC_022439	T	6	6	3260	3265	0 %	100 %	0 %	0 %	545630758
66	NC_022439	TTTG	2	8	3272	3279	0 %	75 %	25 %	0 %	545630758
67	NC_022439	TTC	2	6	3346	3351	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630758
68	NC_022439	TCA	2	6	3551	3556	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	545630758
69	NC_022439	TTTC	2	8	3589	3596	0 %	75 %	0 %	25 %	545630758
70	NC_022439	AGA	2	6	3604	3609	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630758
71	NC_022439	ATG	2	6	3633	3638	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630758
72	NC_022439	TTTC	2	8	3649	3656	0 %	75 %	0 %	25 %	545630758
73	NC_022439	CTT	2	6	3698	3703	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630758
74	NC_022439	GAG	2	6	3735	3740	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630758
75	NC_022439	TGG	2	6	3864	3869	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	545630758
76	NC_022439	A	7	7	3890	3896	100 %	0 %	0 %	0 %	545630758
77	NC_022439	TA	3	6	3936	3941	50 %	50 %	0 %	0 %	545630758
78	NC_022439	ATA	2	6	4003	4008	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	545630758
79	NC_022439	A	6	6	4061	4066	100 %	0 %	0 %	0 %	545630758
80	NC_022439	CT	3	6	4155	4160	0 %	50 %	0 %	50 %	545630758
81	NC_022439	TTG	2	6	4255	4260	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630758
82	NC_022439	TCTT	2	8	4272	4279	0 %	75 %	0 %	25 %	545630758
83	NC_022439	GAA	2	6	4289	4294	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630758
84	NC_022439	TCT	2	6	4318	4323	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630758
85	NC_022439	T	7	7	4330	4336	0 %	100 %	0 %	0 %	545630758
86	NC_022439	CCT	2	6	4342	4347	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	545630758
87	NC_022439	TA	3	6	4369	4374	50 %	50 %	0 %	0 %	545630758
88	NC_022439	ATG	2	6	4446	4451	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630758
89	NC_022439	GAT	2	6	4655	4660	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630758
90	NC_022439	T	6	6	4679	4684	0 %	100 %	0 %	0 %	545630758
91	NC_022439	TCT	2	6	4725	4730	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630758
92	NC_022439	TTC	2	6	4744	4749	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630758
93	NC_022439	GGT	2	6	4763	4768	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	545630758
94	NC_022439	GAA	2	6	4789	4794	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630758
95	NC_022439	GAA	2	6	4806	4811	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630758
96	NC_022439	TC	3	6	4840	4845	0 %	50 %	0 %	50 %	545630758
97	NC_022439	TTG	2	6	4870	4875	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630758
98	NC_022439	TGG	2	6	4885	4890	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	545630758
99	NC_022439	GA	4	8	4934	4941	50 %	0 %	50 %	0 %	545630758
100	NC_022439	GC	3	6	4974	4979	0 %	0 %	50 %	50 %	545630758
101	NC_022439	AGG	2	6	4984	4989	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630758
102	NC_022439	AGA	2	6	5006	5011	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630758
103	NC_022439	ATAA	2	8	5013	5020	75 %	25 %	0 %	0 %	545630758
104	NC_022439	GTTG	2	8	5067	5074	0 %	50 %	50 %	0 %	545630758
105	NC_022439	TGT	2	6	5185	5190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630758
106	NC_022439	CAGGG	2	10	5223	5232	20 %	0 %	60 %	20 %	545630758
107	NC_022439	TGA	2	6	5264	5269	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630758
108	NC_022439	CAA	2	6	5305	5310	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_022439	TTG	2	6	5316	5321	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_022439	A	6	6	5357	5362	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_022439	AATC	2	8	5383	5390	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_022439	T	7	7	5424	5430	0 %	100 %	0 %	0 %	545630759
113	NC_022439	AGA	2	6	5487	5492	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630759
114	NC_022439	TAT	2	6	5517	5522	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	545630759
115	NC_022439	G	6	6	5554	5559	0 %	0 %	100 %	0 %	545630759
116	NC_022439	GAA	2	6	5596	5601	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630759
117	NC_022439	CAA	2	6	5607	5612	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	545630759
118	NC_022439	CTGC	2	8	5635	5642	0 %	25 %	25 %	50 %	545630759
119	NC_022439	TGG	2	6	5696	5701	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	545630759
120	NC_022439	TC	3	6	5822	5827	0 %	50 %	0 %	50 %	545630759
121	NC_022439	TGT	2	6	5841	5846	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630759
122	NC_022439	GT	3	6	5879	5884	0 %	50 %	50 %	0 %	545630759
123	NC_022439	TTG	2	6	5946	5951	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630759
124	NC_022439	TTC	2	6	6008	6013	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630759
125	NC_022439	T	7	7	6036	6042	0 %	100 %	0 %	0 %	545630759
126	NC_022439	CTG	2	6	6110	6115	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	545630759
127	NC_022439	TTG	2	6	6128	6133	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630759
128	NC_022439	GAA	2	6	6208	6213	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630759
129	NC_022439	TCT	2	6	6226	6231	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630759
130	NC_022439	AGG	2	6	6345	6350	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630759
131	NC_022439	ACAT	2	8	6414	6421	50 %	25 %	0 %	25 %	545630759
132	NC_022439	AT	3	6	6508	6513	50 %	50 %	0 %	0 %	545630759
133	NC_022439	ACA	2	6	6514	6519	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	545630759
134	NC_022439	TTTAA	2	10	6532	6541	40 %	60 %	0 %	0 %	545630759
135	NC_022439	TCA	2	6	6564	6569	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	545630759
136	NC_022439	TGT	2	6	6650	6655	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630760
137	NC_022439	TTA	2	6	6794	6799	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	545630760
138	NC_022439	ACC	2	6	6812	6817	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	545630760
139	NC_022439	AGG	2	6	6840	6845	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630760
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271	NC_022439	A	6	6	12085	12090	100 %	0 %	0 %	0 %	545630762
272	NC_022439	TGC	2	6	12215	12220	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	545630762
273	NC_022439	AG	3	6	12226	12231	50 %	0 %	50 %	0 %	545630762
274	NC_022439	CTT	2	6	12330	12335	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630762
275	NC_022439	TGT	2	6	12384	12389	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630762
276	NC_022439	T	6	6	12447	12452	0 %	100 %	0 %	0 %	545630762
277	NC_022439	GAGG	2	8	12468	12475	25 %	0 %	75 %	0 %	545630762
278	NC_022439	GGAT	2	8	12479	12486	25 %	25 %	50 %	0 %	545630762
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281	NC_022439	CTT	2	6	12720	12725	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630762
282	NC_022439	AG	3	6	12762	12767	50 %	0 %	50 %	0 %	545630762
283	NC_022439	TGT	2	6	12770	12775	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630762
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287	NC_022439	AGG	2	6	12840	12845	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630762
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297	NC_022439	GTT	2	6	13329	13334	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630762
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300	NC_022439	AAAT	2	8	13477	13484	75 %	25 %	0 %	0 %	545630762
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304	NC_022439	GAG	2	6	13631	13636	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630762
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310	NC_022439	TCT	2	6	13891	13896	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630763
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322	NC_022439	TTG	2	6	14520	14525	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630763
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324	NC_022439	CTC	2	6	14595	14600	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	545630763
325	NC_022439	TGC	2	6	14602	14607	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	545630763
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344	NC_022439	AT	3	6	15229	15234	50 %	50 %	0 %	0 %	545630763
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352	NC_022439	AGC	3	9	15607	15615	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	545630764
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363	NC_022439	ATG	2	6	16214	16219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630764
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365	NC_022439	A	6	6	16362	16367	100 %	0 %	0 %	0 %	545630764
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370	NC_022439	AAT	2	6	16476	16481	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
371	NC_022439	A	7	7	16492	16498	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
372	NC_022439	TCG	2	6	16528	16533	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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375	NC_022439	AAT	2	6	16582	16587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
376	NC_022439	TTA	2	6	16636	16641	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
377	NC_022439	GAA	2	6	16724	16729	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630765
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384	NC_022439	GTT	2	6	16914	16919	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630765
385	NC_022439	ATA	2	6	16946	16951	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	545630765
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389	NC_022439	TCTT	2	8	17050	17057	0 %	75 %	0 %	25 %	545630765
390	NC_022439	GAAA	2	8	17085	17092	75 %	0 %	25 %	0 %	545630765
391	NC_022439	TGT	2	6	17256	17261	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630765
392	NC_022439	GT	3	6	17260	17265	0 %	50 %	50 %	0 %	545630765
393	NC_022439	TC	4	8	17271	17278	0 %	50 %	0 %	50 %	545630765
394	NC_022439	A	6	6	17288	17293	100 %	0 %	0 %	0 %	545630765
395	NC_022439	T	6	6	17311	17316	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
396	NC_022439	T	9	9	17350	17358	0 %	100 %	0 %	0 %	545630766
397	NC_022439	AGG	2	6	17626	17631	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630766
398	NC_022439	TGT	2	6	17635	17640	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630766
399	NC_022439	GCA	2	6	17646	17651	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	545630766
400	NC_022439	TTC	2	6	17723	17728	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630766
401	NC_022439	CTG	2	6	17758	17763	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	545630766
402	NC_022439	AAC	2	6	17777	17782	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	545630766
403	NC_022439	AGGGG	2	10	17784	17793	20 %	0 %	80 %	0 %	545630766
404	NC_022439	AAT	2	6	17831	17836	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	545630766
405	NC_022439	TGC	2	6	17870	17875	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	545630766
406	NC_022439	TCGGG	2	10	17965	17974	0 %	20 %	60 %	20 %	545630766
407	NC_022439	ATG	2	6	18009	18014	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630766
408	NC_022439	TCT	2	6	18030	18035	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630766
409	NC_022439	GCG	2	6	18077	18082	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	545630766
410	NC_022439	TAA	2	6	18191	18196	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	545630766
411	NC_022439	GGA	2	6	18207	18212	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630766
412	NC_022439	GGA	2	6	18214	18219	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630766
413	NC_022439	A	6	6	18301	18306	100 %	0 %	0 %	0 %	545630767
414	NC_022439	CTT	2	6	18356	18361	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630767
415	NC_022439	TCT	2	6	18458	18463	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630767
416	NC_022439	TTC	2	6	18524	18529	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630767
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418	NC_022439	TTTC	2	8	18570	18577	0 %	75 %	0 %	25 %	545630767
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422	NC_022439	GATTG	2	10	18852	18861	20 %	40 %	40 %	0 %	545630767
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433	NC_022439	ATC	2	6	19396	19401	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	545630767
434	NC_022439	ATT	2	6	19407	19412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	545630767
435	NC_022439	TTTA	2	8	19577	19584	25 %	75 %	0 %	0 %	545630767
436	NC_022439	GCAT	2	8	19666	19673	25 %	25 %	25 %	25 %	545630767
437	NC_022439	CAT	2	6	19692	19697	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	545630767
438	NC_022439	AAC	2	6	19704	19709	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	545630767
439	NC_022439	T	7	7	19782	19788	0 %	100 %	0 %	0 %	545630767
440	NC_022439	T	6	6	19812	19817	0 %	100 %	0 %	0 %	545630767
441	NC_022439	CTT	2	6	19834	19839	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630767
442	NC_022439	AGA	2	6	19845	19850	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630767
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445	NC_022439	AT	3	6	20036	20041	50 %	50 %	0 %	0 %	545630768
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451	NC_022439	GCA	2	6	20372	20377	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	545630768
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464	NC_022439	GGA	2	6	20936	20941	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630768
465	NC_022439	CAA	2	6	20979	20984	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	545630768
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470	NC_022439	GAT	2	6	21209	21214	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630768
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472	NC_022439	T	6	6	21316	21321	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
473	NC_022439	TAA	2	6	21352	21357	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
474	NC_022439	TGT	2	6	21369	21374	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
475	NC_022439	T	7	7	21374	21380	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
476	NC_022439	CTT	2	6	21457	21462	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630769
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479	NC_022439	TGC	2	6	21545	21550	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	545630769
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491	NC_022439	A	6	6	21884	21889	100 %	0 %	0 %	0 %	545630769
492	NC_022439	AGC	2	6	22037	22042	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	545630769
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